L’istituzione pubblica di assistenza e beneficenza denominata Istituto provinciale San Filippo Neri e San Bernardino, con sede in Modena, venne fondata dal Duca Francesco IV nel 1817, aggregando l’Orfanotrofio di san Bernardino, sorto nel 1549, alla Congregazione di San Filippo Neri, istituita nel 1810, e fu posta alle dipendenze della Provincia di Modena con Regio decreto dell’ottobre 1865.

Oggi, l’istituto San Filippo Neri ha lo scopo di agevolare la frequenza degli istituti superiori o di scuole professionali di Modena ai giovani che, per ragioni di distanza, sono costretti a trasferirsi in città per seguire gli studi. Il convitto è nato agli inizi degli anni Settanta per accordo tra Provincia, Comune di Modena e Comuni della montagna e della bassa pianura. Sono stati migliaia in quel periodo gli studenti che hanno potuto utilizzare i servizi del convitto che, allora, prevedeva circa 200 posti.

Le dimensioni sono progressivamente diminuite, man mano che si realizzava il decentramento scolastico, per rispondere alle nuove esigenze dei ragazzi e delle famiglie, fino al nuovo progetto organizzativo ed educativo avviato nel 2001 dopo gli interventi di ristrutturazione.